当时台湾财政拮据，国民党退台后，“中央”及地方的一切开支均由省政府支付，而省府的经济来源，无非靠征收“田赋”，以致入不敷出。吴国桢以党团活动经费不应由国库来解决为由，对蒋经国的要求予以拒绝。
吴国桢不肯帮忙，蒋经国仍有办法从省政府拿钱。毕竟国民党与国民党政府向来不分家，只需经“总统府”、“行政院”照准，蒋经国便可到省政府领取“救国团”经费。
同时，“财政厅长”任显群颇识时务，利用其身兼台湾银行董事长的“特权”，对蒋经国有求必应，到头来仍是掏了吴国桢这位省主席的腰包。
吴国桢对此非常不满，此后不仅在经济上给蒋经国设“卡”，而且在政治上也开始与蒋经国作对。对于蒋经国利用特务统治清除异己和政敌、大搞白色恐怖的行为，吴国桢以“民主、人权”加以指责。
为了调和蒋经国和吴国桢的矛盾，蒋介石曾亲自找吴国桢谈话，但吴国桢的态度让蒋介石非常失望，为了让蒋经国顺利接班，蒋介石只能放弃他曾经赏识和器重的吴国桢。
吴国桢意识到蒋介石对他态度的转变，三番五次提交辞呈。据说，就在此时，蒋经国对吴国桢施以暗杀手段，结果失败。吴国桢在惊吓中，请辞台湾省主席，并在宋美龄的帮助下离台赴美。